日本支店の課税は、支店の規模ではなく、外国法人本体（本店）の規模で決まる部分が少なくありません。日本支店の従業員が数名でも、本店の資本金が大きければ法人住民税の均等割は上位の区分となり、法人事業税の外形標準課税の対象にもなります。法人税の中小法人向けの特例も本店の資本金で判定するため、多くの日本支店では使えません。
一方、本店と日本支店は同じ法人であるため、本店との取引に消費税がかからないなど、子会社とは扱いが異なる点もあります。
本記事では、日本支店の課税の全体像と、本店の資本金で決まる税負担を、子会社との違いを中心に解説します。例示は、P Corp.（米国法人、12月決算）が2027年7月1日に東京で日本支店を設置したケースで統一します。
設立時の届出と最初の確定申告は「外国法人の日本支店設立の税務」、支店と子会社の税負担の比較は「外資系企業の日本進出｜支店と子会社、税負担はどちらが有利か？」で解説しています。
日本支店の課税の基本：PE帰属所得とその他の国内源泉所得
日本支店は独立した法人ではなく、P Corp.そのものの一部です。そのため日本では、日本に恒久的施設（PE）を有する外国法人として、国内源泉所得に限って法人税が課されます。内国法人である子会社が全世界所得に課税されるのとは、この点が大きく異なります。
PEを有する外国法人の課税対象は、次の2つです。
- PE帰属所得：日本支店が行う事業から生じる所得です。支店を本店から独立した事業者とみなし、本店との内部取引も独立企業間価格で認識して計算します。支店の課税の中心はこちらです。
- PEに帰属しないその他の国内源泉所得：国内の不動産の譲渡益や賃貸料、一定の日本法人株式の譲渡益など、日本支店の事業とは関係なく本店が直接得た所得でも、日本で課税されるものがあります。
この2つは区分して計算し、一方の損失を他方の所得と通算することはできません。法人住民税の法人税割や法人事業税の所得割も、この法人税の計算をもとに課されます。
PEに当たるかどうかの判定は「日本のPE（恒久的施設）とは」、国内源泉所得の課税区分とPE帰属所得の計算は「外国法人の日本法人税｜国内源泉所得の課税区分とPE帰属所得の計算」、PEに帰属しない国内源泉所得の類型は「外国法人はPEがなければ日本で無税？」で解説しています。
日本支店の課税の全体像
日本支店にかかる主な税金と、その判定基準を子会社と比べると次のとおりです。
| 税目 | 日本支店の判定・課税の基準 | 子会社との違い |
|---|---|---|
| 法人税・地方法人税 | PE帰属所得などの国内源泉所得に課税。中小法人特例は本店の資本金で判定 | 子会社は日本法人の資本金で判定するため、資本金を設計する余地がある |
| 法人住民税（法人税割・均等割） | 法人税割は法人税額をもとに課税。均等割は本店の資本金等の額と、事務所等の従業者数で区分 | 均等割は、子会社であれば日本法人の資本金等の額で区分 |
| 法人事業税（所得割・外形標準課税） | 所得割は日本の事業の所得に課税。外形標準課税は法人全体の資本金（払込資本）で対象を判定。資本割は従業者数で按分した外国の事業分を控除 | 外形標準課税は、子会社であれば日本法人の資本金で判定 |
| 消費税 | 国内取引と輸入に課税。本支店間の取引は課税対象外 | 子会社と親会社の取引は課税対象になり得る |
| 償却資産税・事業所税 | 支店が所有する償却資産、一定規模以上の事業所に課税 | 同じ |
子会社との差が大きいのは、本店の資本金で判定する中小法人特例・均等割・外形標準課税の3つと、本支店間の取引に対する消費税の扱いです。以下、本店の資本金で決まる税、支店の規模で決まる税、消費税の順に解説します。
本店の資本金で決まる税負担
中小法人特例は本店の資本金で判定する
法人税の中小法人向けの特例（年800万円以下の所得への軽減税率、欠損金の繰越控除の控除限度額の特例、欠損金の繰戻し還付など）は、期末の資本金の額が1億円以下の法人が対象です。日本支店の場合、判定に使うのは支店に割り当てた資金ではなく、外国法人本体の資本金の額（円換算額）です。
また、資本金が1億円以下でも、資本金5億円以上の大法人に発行済株式の全部を保有されている法人は対象外です。P Corp.自体が大規模グループの100%子会社であれば、P Corp.の資本金が小さくても中小法人には当たりません。
資本金が1億円を超える外国法人が多いため、日本支店では中小法人特例を使えない前提で税負担を見積もるのが現実的です。子会社であれば日本法人の資本金を1億円以下にする選択肢がありますが、支店にはその余地がありません。判定の詳細は「中小法人・中小企業者の判定」をご参照ください。
法人住民税の均等割
均等割は、所得の有無にかかわらず課される定額の税で、資本金等の額と従業者数で税額が決まります。日本支店の場合、資本金等の額は本店（外国法人本体）の額を円換算して判定します。
たとえばP Corp.の資本金等の額が円換算で50億円を超えていれば、東京23区内の支店で従業者が50人以下でも、均等割は年額121万円となります。年の途中で支店を設置した場合は、事務所等を有していた月数で月割りするため、P Corp.の最初の事業年度（2027年7月〜12月の6か月）は60万5千円です。赤字の初年度から負担が生じるため、進出時の予算に組み込んでおく必要があります。
外形標準課税
法人事業税の外形標準課税は、外国法人であっても国内に恒久的施設（PE）を有し、対象法人の基準に該当すれば対象となります。基準は事業年度終了の日の資本金の額が1億円を超えることで、外国法人の場合、この資本金の額は日本支店に割り当てた資金ではなく、法人全体の資本金の総額です。令和6年度改正で加わった払込資本（資本金と資本剰余金の合計）による基準も、同じく法人全体の額で判定します。そのため、支店の規模にかかわらず、付加価値割と資本割が課されるケースが多いです。
ただし、課税対象となるのは日本の事業の分に限られます。付加価値割の付加価値額は、国内源泉所得の計算上、損金または益金に算入される報酬給与額・純支払利子・純支払賃借料と単年度損益を合計して計算します。資本割の課税標準は、法人全体の資本金等の額を従業者数で按分します。すなわち、外国法人の資本金等の額のうち日本支店の従業者に対応する部分が課税されます。
このように、外形標準課税の対象になるかどうかは本店の資本金で決まりますが、税額は日本の事業の規模によって決まります。付加価値割・資本割の計算は「外形標準課税とは」で解説しています。
支店の規模で決まる地方税：償却資産税と事業所税
本店の資本金で決まる税目とは反対に、償却資産税と事業所税は、日本支店自体が持つ資産や事業所の規模で決まります。扱いは子会社と同じです。
償却資産税
支店が事業に使う器具備品やパソコン、内装工事などの償却資産には、固定資産税（償却資産税）が課されます。毎年1月1日現在で所有する償却資産を、1月31日までに資産の所在する市町村（東京23区は都税事務所）へ申告します。税率は1.4%で、課税標準額が150万円未満であれば課税されません。
オフィスを賃借して内装工事をした場合、テナントが取り付けた事業用の内装・造作や建築設備も償却資産としてテナントが申告します。開設時の内装投資が大きい支店では、最初の1月1日から申告が必要になります。P Corp.の例では、2028年1月31日が最初の申告期限です。
事業所税
事業所税は、東京23区や政令指定都市など一定の都市で、一定規模以上の事業所に課される税です。
- 資産割：事業所の床面積の合計が1,000㎡を超える場合、床面積1㎡につき年600円
- 従業者割：従業者数が100人を超える場合、従業者給与総額の0.25%
法人は、事業年度終了の日から2か月以内に申告・納付します。床面積と従業者数はその都市内の事業所を合計して判定するため、数名規模の支店であれば通常は対象になりませんが、支店を拡大する際には確認が必要です。
消費税：輸入消費税と本支店間取引
本店から商品を日本支店に送る場合、通関時に輸入消費税がかかります。輸入消費税は、免税事業者であっても納付が必要です。課税事業者であれば、輸入許可通知書を保存することで仕入税額控除の対象となります。
一方、本店と日本支店の間の内部取引は同一法人内の取引であり、それ自体は消費税の課税対象になりません。本店から日本支店への経費の付け替えや、日本支店から本店への請求も同様です。子会社であれば、親会社との取引について輸出免税やリバースチャージの検討が必要になる点と異なります。
本店から支店へ商品を移す場合は、通関時の輸入消費税と、支店が国内の顧客に販売する際の消費税を分けて考えます。日本支店が課税事業者になるかどうかの判定は、別記事で詳しく解説する予定です（後日作成予定）。
まとめ
日本支店は外国法人そのものの一部であるため、子会社とは税負担の決まり方や本店との取引の扱いが異なります。
- 中小法人特例・均等割・外形標準課税は本店の資本金で判定するため、支店の規模が小さくても大法人と同じ扱いになりやすい
- 外形標準課税の資本割は、法人全体の資本金等の額から、従業者数で按分した外国の事業に帰属する額を控除した額に課される
- 償却資産税と事業所税は、支店自体の資産や事業所の規模で決まり、子会社と同じ扱いになる
- 本支店間の取引は消費税の課税対象外だが、本店からの商品の輸入には輸入消費税がかかる
均等割や外形標準課税は初年度が赤字の場合であっても納税が生じるため、支店の設置前に本店の資本金をもとに税負担を見積もっておくことが重要です。本店への送金に源泉税がかからない点や、本店所在地国での課税は「外資系企業の日本進出｜支店と子会社、税負担はどちらが有利か？」、支店を閉鎖する場面の税務は「日本支店の閉鎖の税務」で解説しています。
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