外国法人の日本支店設立の税務｜設立時の届出と最初の確定申告の手続き - 外資系企業の日本税務ノート

日本支店を設置すると、外国法人は日本の税務上「恒久的施設（PE）を有する外国法人」となり、各種届出等を提出する必要が出てきます。子会社の設立と似ていますが、届出書の名称、事業年度の決め方、消費税の判定、申告期限の延長など、支店ならではの違いが随所にあります。

特に次の3点は、対応が遅れると後から取り返しがつきにくいため注意が必要です。

青色申告の承認申請は期限が短く、間に合わないと初年度の赤字を翌期以降に繰り越せない
令和6年度改正により、本国で長く事業を行っている外国法人でも、本店の資本金が1,000万円以上なら日本支店は初年度から消費税の課税事業者になる。改正前のように「最初の2年間は免税」と考えていると申告漏れにつながる
本店の決算確定が遅い場合、事業年度終了の日までに延長特例を申請しておかないと期限内に申告できない。地方税と消費税の延長は別途の届出が必要

本記事では、外国法人の日本支店設立の税務について、設立時に提出する届出と、最初の事業年度の確定申告までの流れを解説します。例示は、P Corp.（米国法人、12月決算）が2027年7月1日に東京で日本支店（PE）を設置するケースで統一します。

支店か子会社かの選択そのものは「外資系企業の日本進出｜支店と子会社、税負担はどちらが有利か？」、子会社を設立した場合の手続きは「日本法人設立後にやるべき税務手続きチェックリスト」で解説しています。

日本支店設立の税務手続き：全体スケジュール

P Corp.の日本支店（2027年7月1日PE設置、12月決算、東京都内に1拠点）を例に、提出先と期限を時系列で整理すると次のとおりです。期限は起算日の数え方や休日で前後するため、目安として確認してください。

時期の目安（例示）	提出先	届出・申告	期限
2027年7月15日	都税事務所	法人設置届出書	設置の日以後15日以内（東京都の場合）
2027年7月31日	税務署	給与支払事務所等の開設届出書	開設の日から1か月以内
2027年8月31日	税務署	外国普通法人となった旨の届出書	外国普通法人に該当することとなった日以後2月以内
2027年9月30日	税務署	青色申告の承認申請書	3月を経過した日と事業年度終了日のいずれか早い日の前日
速やかに	税務署	消費税の新設法人に該当する旨の届出書	事由が生じた場合、速やかに
2027年12月31日	税務署・都税事務所	申告期限の延長の特例の申請書／延長の処分等の届出書／消費税申告期限延長届出書	適用を受けようとする事業年度終了の日まで
2028年2月29日	税務署・都税事務所	最初の事業年度の確定申告（法人税・地方税・消費税）	事業年度終了の日の翌日から2月以内（延長特例で法人税・地方税は原則1月延長、本店の決算確定が遅い場合は指定月数まで延長可）
2028年2月29日	税務署	棚卸資産の評価方法・減価償却資産の償却方法の届出書	最初の確定申告書の提出期限まで
随時	税務署	源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書	申請月の翌月支払分から適用

以下、税務上の前提を確認したうえで、国税・地方税・消費税の届出、最初の事業年度の確定申告、その他の届出・手続きの順に、支店で子会社と扱いが異なる点を中心に解説します。

税務上の前提：日本支店は外国法人のPEとして課税される

日本支店は独立した法人ではなく、P Corp.そのものの一部です。そのため法人税の申告者は「P Corp.（外国法人）」であり、日本支店は恒久的施設（PE）として扱われます。納税地は支店の所在地（国内に複数の拠点がある場合は主たる拠点の所在地）です。

課税対象は日本の国内源泉所得に限られ、中心となるのはPEに帰せられる所得（PE帰属所得）です。PEの判定は「日本のPE（恒久的施設）とは」、PE帰属所得の計算は「外国法人の日本法人税｜国内源泉所得の課税区分とPE帰属所得の計算」で詳しく解説しています。

事業年度は本店の定款等で定める会計期間に従い、日本支店のために別の決算期を設けることはできません。事業年度の途中でPEを有することとなった場合は、その日の前後で事業年度が区切られます（みなし事業年度）。P Corp.の例では、最初の事業年度は2027年7月1日から12月31日までの6か月間となります。

税務署への届出（国税）

外国普通法人となった旨の届出書

子会社の「法人設立届出書」に当たるのが、外国普通法人となった旨の届出書です。国内にPEを有する外国普通法人となった日以後2月以内に、納税地の所轄税務署長へ提出します（法人税法149条）。

届出書には、本店所在地と所在国、日本における責任者、事業を開始した日、事業年度などを記載します。添付書類は定款等の和訳文です。本店の定款が英語の場合でも、和訳を用意する必要があります。

青色申告の承認申請書

外国法人の青色申告の承認申請は、内国法人とは別の規定（法人税法146条）に基づきます。期限は内国法人の設立初年度と同じ考え方で、PEを有することとなった日以後3月を経過した日と、その事業年度終了の日のいずれか早い日の前日までです。P Corp.の例（2027年7月1日にPE設置、12月決算）では2027年9月30日が期限となります。

青色申告の承認がないと、欠損金の繰越控除は災害損失のみに限定され、その他欠損金の繰越控除ができなくなります。支店は初年度に赤字となるケースも多く、承認申請は事実上必須です。欠損金の扱いは「欠損金の繰越控除・繰り戻し還付」をご参照ください。

給与支払事務所等の開設届出書・源泉所得税の納期の特例

日本で従業員に給与を支払う場合は、給与支払事務所等の開設届出書を開設の日から1か月以内に提出します。給与の支給人員が常時10人未満であれば、源泉所得税の納期の特例を申請し、通常毎月納付が必要になる源泉税の納付を年2回にまとめることができます。

申告期限の延長の特例

支店では、本店の決算確定を待たないと申告書を作れないことが少なくありません。本店の監査や承認が事業年度終了後2か月を超える場合は、申告期限の延長の特例を申請します。

延長は原則1か月で、適用を受けようとする事業年度終了の日までに税務署へ定款の定め等による申告期限の延長の特例の申請書を提出します。地方税の申告期限を延長するには、別途都道府県等への届出が必要です（後述）。法人税の延長特例を受ける法人は、消費税申告期限延長届出書により消費税の申告期限も1か月延長できます。

本店の決算確定がさらに遅い場合は、1か月を超える延長も認められます。会計監査人を置き、定款等で定時総会を事業年度終了後3か月を超えて招集する場合は4か月以内、特別の事情により3か月以内に定時総会が招集されない常況にある場合は税務署長が指定する月数まで延長できます。なお、消費税の延長は1か月に限られます。

なお、延長されるのは申告期限だけで、納付期限は延長されません。延長期間中は利子税がかかるため、見込額を当初の期限までに納付しておくのが一般的です。

源泉徴収免除証明書の交付申請

PEを有する外国法人は、日本の取引先から受け取る一定の国内源泉所得（役務提供の対価、使用料など）について、支払者に源泉徴収されることがあります。PEに帰せられる所得であれば、税務署長から源泉徴収の免除証明書の交付を受け、支払者に提示することで源泉徴収を免除できます。

免除を受けない場合、源泉徴収された所得税は確定申告で法人税額から控除・還付されますが、それまで資金が拘束されます。手続きは「外国法人・非居住者への源泉徴収免除証明書とは」で解説しています。

棚卸資産の評価方法・減価償却資産の償却方法の届出書

法定の方法（最終仕入原価法、建物等は定額法・その他は定率法）以外を選ぶ場合は、最初の事業年度の確定申告書の提出期限までに、棚卸資産の評価方法の届出書・減価償却資産の償却方法の届出書を提出します。

地方税の届出

法人設置届出書

支店を設置した都道府県と市町村に、法人設置届出書を提出します。東京都では、都内に初めて事務所等を設置した日以後15日以内が期限です（東京都主税局「法人設立・設置届出書の記載要領」）。東京23区内の支店は都税事務所への提出で足り、それ以外の市町村ではそれぞれが定める期間内に提出します。

なお、法人住民税の均等割や法人事業税の外形標準課税は、支店の規模ではなく本店（外国法人本体）の資本金等で判定されます。外形標準課税の判定と計算は「外形標準課税とは」をご参照ください。

申告期限の延長の届出

法人税の申告期限の延長特例を受けても、法人事業税・法人住民税の申告期限は自動的には延長されません。主たる事務所等の所在地の都道府県に「申告書の提出期限の延長の処分等の届出書・承認等の申請書」（リンク先は東京都主税局の案内）を提出します。東京23区内の支店であれば都税事務所への提出で足ります。23区外の市町村にも支店がある場合は、市町村民税についても同様の届出が必要です。

消費税の届出

令和6年度改正により、本国で設立から年数が経った外国法人でも、日本で事業を開始した事業年度と翌事業年度は基準期間がないものとみなされます。そのため、本店の資本金が1,000万円以上であれば、日本支店は初年度から課税事業者となります。子会社・支店・PEなしの各形態での納税義務の判定は、別記事で詳しく解説する予定です（後日作成予定）。

課税事業者となる場合は、「消費税の新設法人に該当する旨の届出書」を速やかに提出します。B2B取引が中心の支店では、適格請求書発行事業者（インボイス）の登録も早期に検討します。外国法人は消費税法上の国外事業者に当たるため、登録申請書は国外事業者用を使います。

なお、資本金が1,000万円未満で免税となる場合でも、開設時の設備投資が大きい場合には消費税の確定申告をすることで消費税の還付を受けることができる場合があります。その場合には課税事業者選択届出書の提出を検討します。

最初の事業年度の確定申告

申告期限と申告する所得の範囲

PEを有する外国法人は、各事業年度終了の日の翌日から2月以内に、確定した決算に基づき確定申告書を提出します。P Corp.の最初の事業年度（2027年7月1日〜12月31日）の申告期限は2028年2月29日で、延長特例を受けていれば2028年3月31日となります。

申告の対象は、PE帰属所得と、PEに帰せられないその他の国内源泉所得（国内不動産の譲渡益など）の二本立てです。両者は区分して計算し、損益を通算することはできません。PEがなくても課税される所得の類型は「外国法人はPEがなければ日本で無税？」をご参照ください。

中間申告は前事業年度の法人税額を基に要否が決まるため、日本での納税実績がない最初の事業年度では通常不要です。2期目は、最初の事業年度の法人税額を基に判定します。

PE帰属所得の計算（本店との内部取引、本店配賦経費など）は「外国法人の日本法人税｜PE帰属所得の計算」で解説しています。

その他の届出・手続き

外為法上の事前届出

外国法人による日本支店の設置は、外為法上の対内直接投資等に当たります。支店の事業目的が国の安全等に関わる指定業種に該当する場合は、設置前に日本銀行を経由して財務大臣・事業所管大臣へ事前届出を行う必要があります。税務手続きではありませんが、設立スケジュールに組み込んでおく必要があります。

多国籍企業グループの届出

P Corp.グループが連結総収入金額1,000億円以上の特定多国籍企業グループに当たる場合、最終親会社等届出事項や事業概況報告事項（マスターファイル）の提出義務が日本支店にも及びます。移転価格の文書化は「移転価格税制とは」をご参照ください。

社会保険・労働保険

日本支店で従業員を雇用する場合は、年金事務所・労働基準監督署・ハローワークへの手続きが必要です。手続きは子会社と同じため、「日本法人設立後にやるべき税務手続きチェックリスト」をご参照ください。

日本支店設立時の税務チェックリスト

設立直後（1〜3か月以内）

□ 法人設置届出書を都道府県・市町村に提出した（東京都は15日以内）
□ 給与支払事務所等の開設届出書を提出した（1か月以内）
□ 外国普通法人となった旨の届出書を、定款等の和訳文を添えて提出した（2か月以内）
□ 青色申告の承認申請書を提出した（3か月経過日と事業年度終了日のいずれか早い日の前日まで）
□ 源泉所得税の納期の特例の要否を検討した

消費税

□ 最初の事業年度開始日（PE設置日）時点の本店資本金を円換算し、新設法人の特例の該当性を判定した
□ 該当する場合、消費税の新設法人に該当する旨の届出書を提出した
□ インボイス登録、課税事業者選択の要否を検討した

最初の事業年度末まで

□ 本店の決算確定時期を確認し、必要なら申告期限の延長特例（国税・地方税・消費税）を申請した
□ PEに帰属する所得について源泉徴収免除証明書の要否を検討した
□ 支店の事業目的が外為法上の指定業種に当たるか（事前届出の要否）を確認した

最初の確定申告

□ 棚卸資産・減価償却資産の方法の届出の要否を確認した

まとめ

外国法人の日本支店設立の税務は、子会社と同じ届出が多い一方で、外国法人であることに由来する違いが随所にあります。

届出は「外国普通法人となった旨の届出書」（2か月以内）が起点で、青色申告の承認申請は原則3か月以内（事業年度終了日が先ならその前日）
事業年度は本店の会計期間に従い、最初の事業年度はPE設置日から本店決算日までの短い期間になる
消費税は令和6年度改正により、本店の資本金が1,000万円以上なら初年度から課税事業者になる
最初の確定申告では、本店の決算スケジュールに合わせた申告期限の延長特例の要否がポイントになる

届出の期限は設置後1〜3か月に集中し、青色申告の承認申請のように期限を過ぎると初年度に適用を受けられないものもあります。設置前にスケジュールを確認しておくことが重要です。設置後にかかる税金の全体像は「日本支店の課税の全体像」、支店を閉鎖する局面の税務は「日本支店の閉鎖の税務」で解説しています。