非居住者の日本での課税｜源泉徴収・確定申告が必要なケース

2026.09.24

非居住者は、日本国内で生じた所得（国内源泉所得）についてのみ日本で課税されます。ただし、同じ非居住者でも、所得の種類によって「源泉徴収だけで課税が終わるのか」「確定申告まで必要なのか」は大きく異なります。

たとえば、日本駐在を終えて米国に帰国した A 氏は、駐在時代に購入した東京のマンションを日本子会社 S Japan K.K. に社宅として貸し、帰国後も同社の非常勤取締役を務めています。役員報酬・賃料とも日本で源泉徴収されますが、確定申告が必要かどうかは所得の種類によって異なります。

本記事では、非居住者（個人）が日本で課税される国内源泉所得の類型を国税庁の一覧表に沿って整理し、所得の種類ごとに「源泉徴収で課税が完結するのか」「確定申告が必要なのか」を解説します。日本に資産や役職を残したまま出国した外国人個人（expat）の方に向けた内容です。

なお、居住者・非居住者の判定そのものについては居住形態の判定｜居住者・非永住者・非居住者と課税所得の範囲で解説していますので、あわせてご覧ください。

非居住者の課税の基本：国内源泉所得のみが課税対象

納税義務者の区分と課税所得の範囲

所得税法上、個人は居住者（非永住者を含みます）と非居住者に区分され、区分ごとに課税される所得の範囲が異なります。

区分定義課税所得の範囲
居住者（非永住者以外）国内に住所を有し、又は現在まで引き続いて1年以上居所を有する個人国内外で生じたすべての所得
非永住者居住者のうち、日本国籍を有せず、過去10年以内に国内に住所又は居所を有していた期間の合計が5年以下の個人国外源泉所得以外の所得と、国外源泉所得のうち国内で支払われ又は国外から送金されたもの
非居住者居住者以外の個人国内源泉所得のみ

非居住者は、国内源泉所得に対してのみ日本の所得税が課されます。国内源泉所得とは、ひと言でいえば「日本国内にその所得の発生原因がある所得」であり、所得税法161条1項に1号から17号までの類型として列挙されています。日本国外で生じた所得は、たとえ日本の銀行口座に入金されても非居住者の課税対象にはなりません。

課税方法は「総合課税」と「源泉分離課税」に分かれる

非居住者の国内源泉所得に対する課税方法は、大きく次の2つに分かれます。

  • 総合課税：確定申告により、他の総合課税の対象となる所得と合算して所得税額を計算します。支払時に源泉徴収された税額がある場合は、申告で精算します。
  • 源泉分離課税：支払時の源泉徴収だけで日本の課税関係が完結し、確定申告は不要です（申告に含めることもできません）。

どちらの方法で課税されるかは、次に説明する「PEの有無・帰属」と「所得の種類」の組み合わせで決まります。

なお、非居住者は原則として個人住民税の課税対象にはなりません。個人住民税は毎年1月1日時点で国内に住所を有する個人に課されるためです。

課税方法を決める2つの軸：PEの有無とPEへの帰属

非居住者の課税関係を判断する際の第一の軸は、恒久的施設（PE：Permanent Establishment）を有するかどうか、第二の軸は、その所得がPEに帰せられるかどうかです（所得税法164条1項）。この2つの軸により、非居住者の国内源泉所得は次の3つに区分されます。

  1. PEを有する非居住者の、PEに帰せられる所得（PE帰属所得）
  2. PEを有する非居住者の、PEに帰せられないその他の国内源泉所得
  3. PEを有しない非居住者の国内源泉所得

PE帰属所得は、居住者と同様に原則として総合課税の対象です。これに対し、2と3の所得は所得の種類によって課税方法が分かれ、両者の取扱いは同じです。つまり実務上は、「PE帰属所得かどうか」を判定したうえで、PE帰属所得でなければ所得の種類ごとに課税方法を確認する、という順序で考えます。なお、PE帰属所得の考え方（AOAアプローチ）は外国法人と共通しており、「外国法人の日本法人税｜国内源泉所得の課税区分とPE帰属所得の計算」で解説しています。

PEには、国内にある事業の管理を行う場所・支店・事務所・工場などの「支店PE」、1年を超える建設工事等を行う「建設PE」、非居住者に代わって契約を締結する者などの「代理人PE」の3類型があります。租税条約でPEの定義が国内法と異なる場合は、条約上のPEが国内法上のPEとされます。PEの判定基準と実務上のリスクについては、日本のPE（恒久的施設）とは｜3類型の判定基準と認定リスクで詳しく解説しています。

冒頭の A 氏のように、日本に事業拠点を持たず、個人として報酬や賃料を受け取るだけの非居住者は、通常PEを有しません。以下では、主にPE帰属所得以外の国内源泉所得を中心に説明します。

非居住者に対する課税関係の一覧

国税庁「源泉徴収のあらまし」には、非居住者に対する課税関係を所得の種類ごとに整理した一覧表が掲載されています。以下はその内容をもとに作成したものです。号数は所得税法161条1項の号を示します。

【表】非居住者に対する課税関係の概要

所得の種類PEを有する者：PE帰属所得PEを有する者：その他の国内源泉所得／PEを有しない者源泉徴収税率
事業所得総合課税課税対象外なし
資産の運用・保有により生ずる所得（2号）※総合課税総合課税（一部）なし
資産の譲渡により生ずる所得（3号）総合課税総合課税（一部）なし
組合契約事業利益の配分（4号）源泉徴収の上、総合課税課税対象外20.42%
土地等の譲渡対価（5号）源泉徴収の上、総合課税源泉徴収の上、総合課税10.21%
人的役務の提供事業の対価（6号）源泉徴収の上、総合課税源泉徴収の上、総合課税20.42%
不動産の賃貸料等（7号）源泉徴収の上、総合課税源泉徴収の上、総合課税20.42%
利子等（8号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税15.315%
配当等（9号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
貸付金利子（10号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
使用料等（11号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
給与その他人的役務の提供に対する報酬、公的年金等、退職手当等（12号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
事業の広告宣伝のための賞金（13号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
生命保険契約に基づく年金等（14号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
定期積金の給付補塡金等（15号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税15.315%
匿名組合契約等に基づく利益の分配（16号）源泉徴収の上、総合課税源泉分離課税20.42%
その他の国内源泉所得（17号）総合課税総合課税なし

※ 2号の所得からは、8号から16号に該当するものが除かれます。

（出典）国税庁「令和8年版 源泉徴収のあらまし」277頁の表2をもとに作成

表の注記のうち、実務上重要なものは次のとおりです。

  • PE帰属所得が、上記の2号から17号の国内源泉所得に重複して該当する場合があります。
  • 3号（資産の譲渡）のうちPE帰属所得以外のものは、所得税法施行令281条1項1号から8号に掲げるものに限って課税されます。
  • 租税特別措置法の規定により、総合課税の対象とされる所得の一部は申告分離課税又は源泉分離課税となる場合があり、源泉徴収税率が軽減・免除される場合もあります（例：上場株式等の配当等は15.315%）。

表の読み方：4つの課税パターン

PE帰属所得以外の国内源泉所得は、表の中央列から次の4つのパターンに整理できます。

パターン該当する所得源泉徴収確定申告
①課税対象外事業所得、組合契約事業利益の配分（4号）なし不要
②総合課税（源泉徴収なし）資産の運用・保有（2号）、資産の譲渡（3号）の一部、その他（17号）なし必要
③源泉徴収の上、総合課税土地等の譲渡対価（5号）、人的役務の提供事業の対価（6号）、不動産の賃貸料等（7号）あり必要（源泉徴収税額を精算）
④源泉分離課税利子等、配当等、使用料等、給与等（8号〜16号）あり不要

支払者（日本側）の立場からは、③と④が源泉徴収の対象です。受取側の非居住者から見ると、②と③に該当する所得があれば日本で確定申告が必要になります。

所得類型別の課税方法

ここからは、PEを有しない非居住者（又はPE帰属所得以外の所得）を前提に、4つのパターンごとに主な所得の課税方法を見ていきます。

事業所得：PEがなければ課税されない

非居住者が日本国内の顧客と取引をして事業所得を得ていても、PEを有しなければ日本では課税されません。いわゆる「PEなければ課税なし」の原則です。組合契約事業利益の配分（4号）も、PEを通じて行う組合事業から生ずる利益が対象のため、PEを有しない非居住者には課税関係が生じません。

資産の運用・保有・譲渡による所得（2号・3号）：源泉徴収なしで総合課税

2号は、国内にある資産の運用・保有による所得のうち、8号から16号に該当しないものです、具体例としては国債や内国法人の社債の償還差益などが該当します。

3号の資産の譲渡による所得は、非居住者の場合、課税対象が所得税法施行令で定めるものに限定されています。代表的なものは次のとおりです。

  • 国内にある不動産、不動産の上に存する権利の譲渡
  • 内国法人株式の買集めによる譲渡や、事業譲渡類似株式の譲渡
  • 不動産関連法人株式の譲渡
  • 日本国内のゴルフ場の所有・経営に係る株式・会員権の譲渡
  • 非居住者が日本に滞在する間に行う国内資産の譲渡

したがって、たとえば非居住者が証券会社を通じて日本の上場株式を売却した場合でも、事業譲渡類似株式などに該当せず、日本滞在中の譲渡でなければ原則として日本では課税されません。事業譲渡類似株式・不動産関連法人株式の判定は、個人非居住者向けの解説記事を後日作成予定です。

これらの所得には源泉徴収がないため、非居住者自身が確定申告をして納税する必要があります。

源泉徴収の上、総合課税となる所得（5号〜7号）

次の3つの所得は、支払時に源泉徴収が行われたうえで、非居住者が確定申告を行い、源泉徴収税額を精算します。

土地等の譲渡対価（5号）：非居住者から国内の土地・建物等を購入した者は、対価の10.21%を源泉徴収しなければなりません。ただし、譲渡対価が1億円以下で、個人が自己又はその親族の居住用として購入する場合は源泉徴収が不要です。購入者が法人であれば、金額にかかわらず源泉徴収が必要です。なお、土地・建物等の譲渡所得は租税特別措置法により申告分離課税の対象となり、売主である非居住者は確定申告で譲渡所得を計算し、源泉徴収税額を精算します。詳しくは非居住者・外国法人の日本不動産売却と課税｜源泉徴収・確定申告の実務をご覧ください。

人的役務の提供事業の対価（6号）：芸能人・職業運動家、弁護士・公認会計士などの自由職業者、科学技術・経営管理などの専門家の国内における役務提供を主たる内容とする事業の対価です。非居住者が自ら役務を提供するのではなく、自己が雇用する者など他人の役務を提供する事業を営む場合が対象です。非居住者本人が行う役務提供の報酬は、12号に該当します。

不動産の賃貸料等（7号）：国内にある不動産の貸付けの対価などです。借主は賃料の20.42%を源泉徴収しなければなりません。例外として、個人が自己又はその親族の居住用として借りる場合は源泉徴収が不要ですが、法人が社宅として借りる場合は源泉徴収が必要です。非居住者は確定申告により不動産所得（収入から固定資産税・修繕費・減価償却費などの必要経費を控除した金額）を計算し、源泉徴収税額を精算します。

源泉分離課税となる所得（8号〜16号）

利子等、配当等、貸付金利子、使用料等、給与等の人的役務の提供に対する報酬などは、支払時の源泉徴収だけで日本の課税関係が完結します。非居住者側で確定申告をする必要はありません。所得の種類ごとの論点は、次の記事で解説しています。

給与等（12号）のうち、給与や自由職業者の報酬は、原則として日本国内で行った勤務・役務提供に対応する部分のみが国内源泉所得となります。一方、内国法人の役員としての報酬は、実際の勤務地が国外であっても原則として国内源泉所得とされます（内国法人の使用人として常時国外で勤務する場合などを除きます）。また、退職手当等は居住者であった期間の勤務に対応する部分が国内源泉所得となります。退職手当等の計算例と、選択課税による還付の手続きは「非居住者の退職金｜20.42%の源泉税は選択課税で還付できる」で解説しています。

その他の国内源泉所得（17号）：源泉徴収なしで総合課税

17号は、1号から16号に該当しない国内源泉所得で、国内の業務や資産に関して受ける保険金や法人からの国内資産の受贈益などが該当します。源泉徴収はなく、確定申告により総合課税の対象となります。

設例：非居住者役員への役員報酬と社宅賃料

冒頭の例に当てはめて整理します。

前提

  • A 氏は米国居住者で、P Corp. の幹部です。日本にPEは有しません。
  • A 氏は S Japan K.K. の非常勤取締役として、月額100万円の役員報酬を受け取っています。
  • A 氏は東京のマンションを S Japan K.K. に社宅として賃貸し、月額30万円の賃料を受け取っています。

役員報酬：内国法人の役員としての報酬であるため、A 氏が米国で職務を行っていても国内源泉所得（12号）に該当します。S Japan K.K. は支払のつど20.42%（20万4,200円）を源泉徴収し、これで日本の課税関係は完結します（源泉分離課税）。日米租税条約の役員報酬条項でも、法人の居住地国である日本での課税が認められるため、条約による免除はありません。

社宅賃料：国内にある不動産の賃貸料（7号）に該当します。借主が法人であるため居住用の例外は適用されず、S Japan K.K. は支払のつど20.42%（6万1,260円）を源泉徴収します。さらに A 氏は、日本で確定申告を行って不動産所得を計算し、源泉徴収された税額を精算する必要があります。日米租税条約上も、不動産から生ずる所得は不動産の所在地国である日本で課税できます。

所得国内源泉所得の区分S Japan K.K. の源泉徴収A 氏の確定申告
役員報酬（月100万円）12号（給与等）20.42%（20万4,200円）不要（源泉分離課税）
社宅賃料（月30万円）7号（不動産の賃貸料等）20.42%（6万1,260円）必要（源泉徴収税額を精算）

このように、同じ支払者から同じ非居住者に支払う所得でも、所得の種類によって課税関係が源泉徴収で終わるかどうかが異なります。A 氏の米国での課税と外国税額控除の適用も含めて、事前に整理しておくことが重要です。

租税条約による修正

以上が国内法に基づく非居住者の課税関係の概要ですが、非居住者については租税条約も考慮する必要があります。租税条約の規定は国内法に優先されるためです。租税条約の基本的な考え方は租税条約とは？外資系企業が知っておくべき基礎知識で解説しています。主な租税条約による修正は次のとおりです。

税率の軽減・免除

利子・配当・使用料については、条約で国内法より低い限度税率や免税が定められていることが一般的です。たとえば日米租税条約では、使用料は原則として源泉地国免税とされています。また、多くの条約は、短期滞在者の給与（滞在期間183日以下などの要件を満たすもの）や、PE（固定的施設）を有しない自由職業者の報酬、PEを有しない者の人的役務の提供事業の対価について、日本での課税を免除しています。

一方、役員報酬や不動産から生ずる所得のように、条約上も日本での課税が認められる所得もあります。設例の A 氏の役員報酬と社宅賃料はいずれもこれに該当します。

所得源泉地の置換え

条約で所得源泉地について国内法と異なる定めがある場合は、条約の定めにより国内源泉所得の範囲を判定します。たとえば、国内法は貸付金利子（10号）や使用料（11号）について、資金や権利が国内の業務に使用されるかどうかで判定する「使用地主義」を採っていますが、支払者の居住地国を源泉地とする「債務者主義」を採っている租税条約もあります。

適用を受けるための手続き

条約による軽減・免除を源泉徴収段階で受けるには、非居住者が「租税条約に関する届出書」を、支払日の前日までに支払者を経由して支払者の所轄税務署長に提出する必要があります。特典条項のある条約では、特典条項に関する付表（様式17）と居住者証明書の添付も必要です。届出書の書き方は租税条約届出書の書き方・提出手順｜外資系企業の経理担当者向け実務ガイドをご覧ください。

確定申告が必要になるケース

非居住者は、総合課税の対象となる国内源泉所得（上記パターン②③及びPE帰属所得）がある場合、居住者と同様に翌年3月15日までに確定申告を行う必要があります。源泉分離課税の対象となる所得（パターン④）しかない場合は、確定申告は不要です。

非居住者の確定申告には、居住者と異なる点がいくつかあります。

  • 所得控除は、雑損控除、寄附金控除、基礎控除に限られ、配偶者控除や扶養控除、社会保険料控除などは適用されません。
  • 国内に住所・居所を有しない者が申告等を行う場合は、原則として納税管理人を定めて税務署に届け出る必要があります。
  • 年の途中で出国する場合は、出国の時までに申告・納税を行う（又は出国前に納税管理人を届け出る）必要があります。

設例の A 氏のように、帰国後も日本の不動産を賃貸している場合は、毎年の確定申告が必要になります。源泉徴収された20.42%の税額と、必要経費を控除した不動産所得に対する税額との差額が還付又は納付となるため、固定資産税や管理費、減価償却費などを適切に計上することで、源泉徴収税額の一部が還付されることもあります。

非居住者の確定申告・源泉税の還付の手続きと、納税管理人の選任・届出については、別記事で解説する予定です（後日作成予定）。

まとめ

非居住者は国内源泉所得に対してのみ日本で課税され、確認すべきポイントは次の3点に整理できます。

  1. 課税方法の確認：日本にPEを有するか、受け取る所得が国内源泉所得のどの号に該当するかを確認し、課税対象外・総合課税・源泉徴収の上総合課税・源泉分離課税のいずれに当たるかを把握する。
  2. 租税条約の確認：居住地国との租税条約により、税率の軽減・免除や所得源泉地の置換え（債務者主義など）がないかを確認し、必要に応じて支払者を通じて租税条約に関する届出書を提出する。
  3. 確定申告の要否：総合課税の対象となる所得がある場合は確定申告の準備を進め、必要に応じて納税管理人を選任・届出し、居住地国での外国税額控除の適用もあわせて確認する。

非居住者の課税関係は、所得の種類の判定に加えて租税条約の確認も必要となり、思わぬ確定申告義務を見落としてしまうこともあります。判断に迷う所得がある場合は、専門家へご相談ください。

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